Продаем дом. Покупатели с МК. В чем минусы?

в вашем случае не так, маткап будет переводится банку, а не вам, так что если верно понимаю ситуацию вы свои деньги получите после регистрации права, но всегда есть место особым нюансам той или иной сделки

У наших родственников покупали квартиру с мк, в итоге покупатели взяли ипотеку и погасили ее за счет мк, а за квартиру заплатили полностью сразу.

Да. МК придется подождать. К тому же Вы можете попасть на недобросовестных покупателей и они будут тянуть с подачей документов на перечисление МК, а без этого Вы ни чего не получите. Это не страшно, но не приятно. На такой случай лучше прописать в договоре, что Вы освобождаете дом только по факту получения 100% оплаты.